
拜谱生物正式推出基于化学蛋白质组学的衣康过酸修饰语蛋清组学产品,实现1000+举重若轻度修饰语位点检测,稳固显现经典英文靶点,全定位生信阐述解析靶点蛋白功能信息,发现新靶点,并提供从“看到”到“安全验证”全流程图贴心服务,为深度理解衣康酸及其衍生物在不同疾病研究中的作用机制提供重要依据。
PART 1
01、试验工艺流程
02、测试数据报告
03、经“点”重演
在监测数据文件中,验出若干学术论文中曝光的著名靶点简答衣康酸体现位点,如一号个被得知的衣康酸共价体现血清KEAP1,同时还有糖酵解信号通路中的3个最为关健的酶如LDHA、GAPDH、ALDOA,和炎性小体组成了血清NLRP3和细胞膜细胞坏死环节中的最为关健的血清RIPK3等,其质谱图内容如下图如下图所示。
04、食品结构特征
1.几斤质控
商业楼化特异形测试探针孵育、SDS-PAGE探测、WB核实、样表相关性阐述阐述等多方面位探测,确认工程最终结果耐用性。2.高性质谱医疗仪器系统
在Orbitrap Astral全最新一代名将高判断质谱仪作明佛母心咒下,推动衣康过酸表达位点及淀粉酶签定新纵深,动力科学的分析新显示。3.全流量一趟式提供服务
系统设计拜谱微生物成熟的实验性品台,可保证“肿瘤细胞塑造培养→测试探针孵育→WB检验→举重若轻度衣康酸性反应绘制检验→专属于生信阐述→对应位点PRM检验”全流量功能,省时保持平衡更干净省心。05、了解信息内容(位置)
06、使用目标
PART 2、文献综述推荐
期刊论文一
用英语题头:Chemoproteomic profiling of itaconation by bioorthogonal probes in inflammatory macrophages(Journal of the American Chemical Society,Q1,2020)
中文翻译文章标题:炎症巨噬细胞中生物正交探针的化学蛋白质组学分析
研发的内容:本研究首次报道了基于衣康酸类似物OI,设计合成了适用于活细胞标记的衣康酸生物正交探针(ITALK),并实现了对炎症巨噬细胞中衣康酸修饰位点的直接鉴定。共鉴定出862个衣康酸化蛋白、1131个半胱氨酸位点,且存在18个赖氨酸和8个组氨酸的衣康酸修饰。这些修饰底物中包括了许多参与到炎症免疫响应和宿主防御相关调节通路中的关键蛋白,例如炎性小体、信号转导、转录和细胞死亡相关蛋白,暗示衣康酸可通过调节多种通路来影响巨噬细胞功能。作者们选取了几个新发现的修饰蛋白BRI3B、WIPI3和RIPK3并通过点突变实验对其修饰位点进行了验证。本研究为理解衣康酸在巨噬细胞炎症反应中的作用机制提供了丰富的数据支持。
(图源:Qin, Wei et al.,J Am Chem Soc. 2020)
参考文献二
英文字母小标题:4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation(Cell Reports,Q1,2023)
中文字幕文章标题:4-辛基衣康酸通过阻断STING蛋白棕榈酰化来抑制其活性
钻研方式:cGAS-STING轴在防御外来病原体和维持免疫稳态中起着至关重要的作用。虽然在了解巨噬细胞活化过程中发生的代谢变化方面已经取得了实质性的进展,但对这些代谢变化如何影响cGAS-STING轴却知之甚少。在这项研究中,作者确定衣康酸的衍生物4-辛基衣康酸(4-OI)抑制cGAS-STING的激活。此外,作者发现4-OI抑制cGAS-STING相关的抗病毒免疫反应和自身免疫性炎症。然而,作者发现内源性衣康酸不影响cGAS-STING激活,表明4-OI和衣康酸的功能不同。从机理上讲,研究发现4-OI直接烷基化STING上的Cys91,阻断STING棕榈酰化和寡聚化。4-OI对STING的烷基化代表了STING的另一种翻译后修饰(PTMs)。该研究的发现揭示了cGAS-STING功能通过4-OI烷基化进行调节的机制,并为不同类型PTMs之间的串扰提供了见解。
(图源:Su, Chaofei et al.,Cell Rep. 2023)
PART 3、典型案例衍化一个构想
蛋白质的S-脂酰化(S-acylation)是指脂肪酸与半胱氨酸的巯基通过硫酯键相连。最典型的是棕榈酸,即S-棕榈酰化。催化这一反应的酶属于蛋白质酰基转移酶(protein acyltransferase,PAT)家族,含有DHHC(Asp-His-His-Cys)序列,所以称为DHHC-PAT。由于DHHC基序形成锌指结构域,因此编码这些酶的基因称为含锌指DHHC(zDHHC)。现已发现24种人类zDHHC基因,命名为zDHHC1- 24(无zDHHC10,有zDHHC11B)。这些zDHHC之间的底物亲和力和催化活性差异很大,其中zDHHC17和zDHHC13具不弱的底物整合力,而zDHHC3和zDHHC7具有高效的S-酰化作用。
S-棕榈酰化通过两步机制进行(如下图)。第一步是DHHC基序中的半胱氨酸残基被来自棕榈酰-CoA的棕榈酸酰化,形成酰基酶中间体,这一步通常称为自棕榈酰化。第二步是将棕榈酰基部分转移到蛋白质底物中的半胱氨酸巯基上。
(图源:Anderson, Alison M et al.,NPJ Breast Cancer. 2016)
值得一提的是,在拜谱怪物衣康碱化体现组亲测数据表格中,发现zDHHC13有3个半胱氨酸残基被衣康碱化遮盖(方式图)。不妨设想,zDHHC13的半胱氨酸残基被衣康酸烷基化,影响其自棕榈酰化,进一步影响其靶蛋白的棕榈酰化,进而影响相应的生物学功能,为相关机制机理研究提供新思路。
PART 4、拜谱个人心得体会
成为TCA配置中的上面分泌物,衣康酸调理分泌、天然免役力和细菌感染内的互不化学反应,为开展天然免役力细菌感染疾患症状给出了重复使用开展机制。衣康酸节构中的亲电性α,β-不供大于求羧酸节构能对营养素质上的活性氧半胱氨酸残基开展烷基化装饰(迈克尔加持化学反应),相应泰语翻译后装饰被称做“衣康酸装饰(itaconation)”,行而作用营养素质模块,调节作用天然免役力初次应答和分泌路线,为不同重大疾病症状药物治疗新产品研发给出新方法。拜谱生物作为国内领先的多组学公司,全新推出基于化学蛋白质组学的衣康过酸淡化蛋白质组学产品,在全流程高精密仪器和高特异性生物正交探针加持下,可实现高精度、高深度的一站式衣康酸化修饰组检测。另外,可搭配拜谱生物医疗决对参考值靶向治疗分解代谢组(QMT1000)或消耗的能量代谢转化率靶点代谢转化率组好产品对衣康酸及其类似物进行靶向绝对定量检测。多组学强强联手,有助于深入理解衣康酸化修饰的功能及其调控机制,为疾病机制机理研究提供科学依据,从而在指导靶向药物设计、疾病治疗等方面创造无限可能。欢迎咨询!
参看学术论文
1. Qin W,Zhang Y,Tang H, et al. Chemoproteomic Profiling of Itaconation by Bioorthogonal Probes in Inflammatory Macrophages. J Am Chem Soc. 2020;142 (25):10894-10898. 2. Su C,Cheng T,Huang J, et al. 4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation. Cell Rep. 2023;42 (9):113040. 3. Anderson AM,Ragan MA. Palmitoylation: a protein S -acylation with implications for breast cancer. NPJ Breast Cancer. 2016;2:16028.