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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已表示出丰富的微生物活力性，分为抗淋巴肿瘤和抵抗疾病毒用途。通常情况下，三萜是用甲羟戊酸条件转化成的，并从非天然动植物和念珠菌中拆分。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上展现了发表文章“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的探究论文范文。该探究发掘三萜类氧化物野生灵芝粉酸（GA）是凭借固态培养出的无柄野生灵芝粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生物体制品导出发生的。在转录组和核营养物质组学高水平进一个步骤宇宙探索无柄虫草菌丝体中DHT发生2种虫草酸（GA）的原则，并基于两组学高水平测试到的的距离遗传基因和的距离核蛋清，推断DHT 生物体制品制成 GA 的渠道。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录成分析和用途定义

在对无柄野生灵芝真菌感染菌丝体确定转录组测序共实现67230个转录本和14297个单DNA。在某些单DNA中，49多个被签别为差别呈现DNA（DEGs），中仅213个呈现调整，279个呈现上涨（图1A）。GO聚集概述后，DEGs分为生物工程时（BP）、组织化学成分（CC）和大分子功能模块（MF）3类。在BP类属中，有了前5个子类属：抗生素类降解分解时，乙酸盐分解时和甲酸盐分解时;而在CC类属中，组织外区、突触包覆体、突触节构是前5个亚类。对待MF类属，甲酸脱氢酶（NAD）催化活力性、被氧化完美重现酶催化活力性和酸氨（或酰胺）对接酶催化活力性是前5个亚类属（图1B）。在DEGs的KEGG通道概述中，前30条聚集度极高的通道有27条包括分解，中仅丁烷分解、乙醛酸盐和二羧酸盐分解、丙酸盐分解信息通道差异性聚集（图1D）。

图1|转录成分析和功效分为

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

在对无柄虫草真菌感染菌丝体来使用淀粉酶质组学使用了解，总计确保了16,457种特点肽、2606种淀粉酶质和2588种降钙素原检测淀粉酶质。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的筛分的条件下，我在这2606种淀粉酶质中，94种被评定为差距表示淀粉酶（DEPs），当中52种上浮，42种下降（图2A），图2C提示了差距表示淀粉酶的聚类算法使用了解热图。从GO使用了解来谈，BP种类提示，大绝大部分数DEPs参与进来冰醋酸盐降解消化吸收时、四环素降解降解消化吸收时和抗癫痫药物降解降解消化吸收时。CC类DEPs在肿瘤内部外区、过阳极铁的硫化物酶体和微体中比率最多，阳极硫化恢复酶渗透性和甲酸脱氢酶（NAD）渗透性在MF类中DEPs的配比最多（图2B）。与转录组最终结果形似，KEGG径路使用了解提示，大多DEPs在降解消化吸收中聚集，当中3条最聚集的条件是光合生物体工程中的碳统一、碳降解消化吸收和MAPK信息径路（图2D）。不仅如此，在使用了解GO动态sql语句的CC对DEPs来使用亚肿瘤内部确定使用了解和注音（图2E），DEPs重要划分在肿瘤内部质（40.66%）、肿瘤内部膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），基本原理上是GAs生物体工程合出的重要定位。

图2|蛋清质组的按量进行分析和实用功能安全验证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为食物转变和对比组得票率DEGs和DEPs生产制作了维恩图，有20个不一致性表述爱染色体（图3A）。对转录组和蛋清酶质组中E组和C组总共的DEGs/DEPs展开聚类算法研究剖析，出现 mRNA和蛋清酶质之中有11个调涨染色体和1个调低染色体，DEGs与之译文资料的DEPs表述爱水平方向呈正一些，应用于Pearson的一些指数公式研究剖析，在转录组和蛋清酶质组之中论文检测到较为较高的一些性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检验报告呈现，E组和C组1一DEGs的呈现出关卡差别的相关系数，中间9个为上涨DEGs，4个为再降DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的呈现出趋势分析与转录混合物析报告一直。

图3|蛋清质组的降钙素原检测介绍和功能性查证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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